Desa Kotajin terletak di tengah-tengah wilayah Kecamatan Atinggola dan merupakan Ibu kota Kecamatan Atinggola dan terbagi menjadi 6 (enam) dusun, yaitu Dusun Benteng I, Dusun Benteng II, Dusun Benteng III, Dusun Benteng IV, Dusun Benteng V, Dusun Benteng VI. Secara geografis Desa Kotajin, Kecamatan Atinggola Kabupaten Gorontalo Utara, dilihat dari beberapa aspek tinjauan meliputi :
A. Iklim
Curah hujan: 1920 mm/tahun
Jumlah hari hujan: 99 hari
Suhu rata-rata harian: 27°Cc
Ketinggian dari permukaan laut: 900 MDPL
Topografi: Dataran Rendah
B. Orbitasi
Jarak ke Kabupaten: 40 Km
Jarak ke Kecamatan: 5 M
Lama tempuh ke Kabupaten: 40 Menit
Lama tempuh ke Kecamatan: 1 Menit
Kendaraan umum ke Kabupaten: Angkutan Umum
Kendaraan umum ke Kecamatan: Motor Roda Dua
C. Batas Desa
Sebelah utara: Desa Kotajin Utara
Sebelah selatan: Desa Pinontoyonga
Sebelah barat: Desa Monggupo
Sebelah timur: Kec. Pinogaluman
D. Luas wilayah
Luas Wilayah Desa Kotajin adalah ± 60 Ha.